En 1925, Julio C. Tello encargó a Toribio Mejía Xesspe la realización de excavaciones arqueológicas en Huaca Malena (Mejía:1978). Como resultado de dichos trabajos se informó el hallazgo de 309 fardos funerarios y abundante material textil.
El trabajo de Mejía se concentró en dos de las plataformas mas elevados de la zona arqueológica, donde aún pueden observarse antiguas trincheras de excavación. En la década de 1960, Frédeéric Engel realizó excavaciones en el sitio obteniendo un fechado de 950 d.C. para evidencia asociada a arquitectura (1987:65); de acuerdo a su información el sitio data de los finales de Wari. Menzel (1969) postula que Huaca Malena debió jugar un rol de importancia durante la época Wari en la costa sur central, de acuerdo a la información recuperada por Tello.
En diciembre de 1996, iniciaron los trabajos del Proyecto Arqueológico Huaca Malena, de la mano con Denisse Pozzi-Escot y Rommel Angeles quienes encontraron el sitio en total estado de abandono y con huellas de intensos huaqueos.
El huaqueo afectó el 65% del sitio, destruyéndose prácticamente todas las plataformas superiores, con ello, el proyecto se propuso como objetivos inmediatos tanto como efectuar excavaciones arqueológicas e investigar el sitio para definir asociaciones estratigráficas, conocer la cronología, función y asociaciones internas, como realizar una limpieza superficial del monumento y, paralelamente, realizar trabajos de puesta en valor del sitio con apoyo y participación de las autoridades locales y la juventud en general.
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